水生生物研究所是国内唯一专门从事内陆水体生物学及其相关领域研究的综合性科研机构，其战略定位和发展目标是针对日趋恶化的水生态环境，开展水生态环境保护和水生生物资源可持续利用研究，为维护和改善内陆水体的生态环境、保护淡水资源、发展淡水渔业提供理论依据和技术支撑。　　

　　水生生物研究所的前身为始建于1930年的国立中央研究院自然历史博物馆动植物研究所，开创我国鱼类学、原生动物学和藻类学等学科研究的老一辈著名生物学家王家楫、伍献文和饶钦止等，是水生生物所的创立者。该所50年代初由上海迁至武汉。　　

　　经过50余年的发展，全所现有研究人员135人，其中有中国科学院院士5人，高级研究人员83人；在学研究生、博士后以及高访学者250余人。设有生物学博士后流动站，水生生物学专业、遗传学专业2个博士点，水生生物学、环境科学、遗传学3个硕士学位点。目前拥有四个研究中心即水生生物多样性与资源保护研究中心、淡水生态研究中心、渔业生物技术研究中心、水环境工程研究中心，一个国家重点实验室（淡水生态与生物技术国家重点实验室），一个开放台站（东湖湖泊生态系统开放试验站），一个国家工程中心（国家淡水渔业工程技术研究中心武汉中心，一个图书情报与信息中心（馆藏26万余册，期刊2千多种和完善的网络信息系统），一个亚洲最大的淡水鱼类博物馆（馆藏标本40余万号，1800余种，近300个模式种），一个中国最大的淡水藻种库以及藻类、淡水无脊椎动物、鱼类寄生虫标本室和现代化的白鱀豚馆，中国生物多样性内陆水体分部和中国生态系统网络水体分中心也挂靠在水生所。该所鱼类遗传育种基地拥有实验鱼池100多亩，全所有大型精密仪器近50台套，科学考察船2艘，形成了合理的科学研究与技术支持相结合的完整体系，具有很强的科学创新的物质基础。

　　 建所72年来，水生生物所始终十分重视基础理论的探索、基础资料的积累；坚持科研面向经济建设；坚持与国内外著名学术机构开展广泛的科研合作与学术交流。在淡水生态、水生生物多样性与资源保护、渔业生物技术和水环境工程研共取得科研成果近600项，其中有160多项荣获国家、省部级等奖励。编著出版了《中国鲤科鱼类志》、《中国鞘藻目专志》、《中国淡水鱼类养殖学》、《东湖生态学研究》等专著78部，发表科学论文近2000篇。